单目、双目和三目显微镜的主要区别是目镜的个数不同：

1. 单目显微镜只要一个目镜，只能用一只眼睛观察，是单通道光路；

2. 双目显微镜有两个目镜，可以双眼同时观察，是双通道光路；

3. 三目显微镜除了双眼观察用的两目,还有一目是用来外接电脑或者数码相机，可以通过外接电脑或者数码相机来对物体进行观察和记录，一般拥有拍照功能的显微镜都是三目显微镜