单目、双目和三目显微镜的主要区别是目镜的个数不同：
单目显微镜只要一个目镜，只能用一只眼睛观察，是单通道光路；
双目显微镜有两个目镜，可以双眼同时观察，是双通道光路；
三目显微镜除了双眼观察用的两目,还有一目是用来外接电脑或者数码相机，可以通过外接电脑或者数码相机来对物体进行观察和记录，一般拥有拍照功能的显微镜都是三目显微镜
数码显微镜又叫视频显微镜，它是将显微镜看到的实物图像通过数模转换，使其成像在显微镜自带的屏幕上或计算机上，主要用于教学用途。
数码显微镜的主要好处在于：传统的光学显微镜只能供一人使用，要分享显微镜的影像很困难，而要拍摄显微镜内的影像，亦往往需要用到特别的仪器帮助。然而，数码显微镜由于可以与电脑接驳，使显微镜内的视像可以透过连接到课室的投影机播放，使课室内的学生可以一同观看影像，对课堂秩序的管理亦有帮助。